Ohjelma käyttää viittä asetustiedostoa. Ne ovat tavallisia tekstitiedostoja, mutta yleensä niitä ei ole tarpeellista editoida suoraan. Oletuksena nämä tiedostot ovat käyttäjän asetushakemistossa (Omat tiedostot/3D-Win tai My Documents/3D-Win).
Asetustiedostot pidetään ajon aikana muistissa ja kirjoitetaan levylle vasta, kun ohjelma lopetetaan. Jos tiedostoja on jostain syystä pakko editoida, ohjelma on ensin sammutettava.
Käyttäjän pääasetusetiedosto. Voidaan vaihtaa komentoriviparametrilla. Yhteishakemistossa voi olla Threedee_common.ini, jossa olevat asetukset ylikirjoittavat käyttäjän asetukset aina ohjelman käynnistyksen yhteydessä.
Formaatinmuuntimien asetukset. Yhteishakemistossa voi olla Convert_common.ini, jossa olevat määrittelyt korvaavat saman nimiset käyttäjän määrittelyt aina ohjelman käynnistyksessä.
Koordinaattimuunnosten määrittelyt. Yhteishakemistossa voi olla Math_common.dat, jossa olevat määrittelyt korvaavat saman nimiset käyttäjän määrittelyt aina ohjelman käynnistyksessä.
Ulkopuolisten palveliyhteyksien asetukset. Server.ini sisältää WMTS, WMS-, WFS- ja palvelinyhteyksien asetukset. Lisäksi yhteishakemistossa voi olla Server_common.ini, jossa olevat määrittelyt kopioidaan käyttäjän asetuksiin aina ohjelman käynnistyksen yhteydessä.
Ohjelman sisäiset asetukset (ikkunoiden koot ja sijainnit, viimeksi käytetyt tiedostot, yms.).
Kaikille yhteinen asetustiedosto ohjelman asennushakemistossa. Sisältää seuraavat asetukset:
[Common] CommonDir= Polku verkon yhteishakemistoon.
[Sentinel] Server= Sentinel lisenssipalvelimen IP-osoite tai nimi verkossa.
Vaihtoehtoinen tiedosto komentoriviparametreille. Täällä annettuna ne vaikuttavat ohjelman käynnistykseen riippumatta siitä mitä kautta se tehdään. Tiedosto sijaitsee käyttäjän kotihakemiston alla olevassa piilohakemistossa AppData/Roaming/3D-Win.
[Arguments] -osion alla olevilla asetuksilla S=, U= ja R= voidaan korvata komentoriviparametrit /S, /U ja /R. Aidot komentoriviparametrit vaikuttavat silti ensisijaisesti.