Ohjelman toiminta perustuu hyvin paljon erilaisten data- ja ohjaintiedostojen käyttöön. Olennaisia asioita ovat tiedostojen avaus, tallennus ja niiden asetukset.
Koska tiedostopolut ja nimet ovat usein melko pitkiä, on ohjelmassa useita tapoja lyhentää niitä. Tämä voi tapahtua korvaamalla polun alkuosa hakasuluissa olevalla lyhenteellä ([user]\file.xyz), korvaamalla polun keskiosa kolmella pisteellä (c:\dir\...\file.xyz) tai käyttämällä suhteellisia hakupolkuja (dir\file.xyz).
Ohjelma tuntee kolme yleistä hakemistolyhennettä: [user], [common] ja [program]. Ensimmäinen lyhenne [user] viittaa käyttäjän omaan asetushakemistoon, josta löytyvät ohjelman asetukset ja jonne kirjoitetaan ohjelman tuottamat tulostiedostot. Oletuksena tämä on My Documents/3D-system/3D-Win, mutta se voidaan asettaa muuhunkin hakemistoon. Tänne hakemistoon on käyttäjällä aina oltava kirjoitusoikeus. Toinen lyhenne [common] on yleensä sama kuin [user], mutta verkkoympäristössä se voidaan asettaa yhteiseksi kaikille käyttäjille. Tällöin asetustiedostoja etsitään ensin [user]-hakemistosta ja sitten [common]-hakemistosta. Kolmas lyhenne [program] viittaa ohjelman asennushakemistoon. Ohjelma ei koskaan kirjoita mitään [common] ja [program] hakemistoihin.
Toinen tapa lyhentää hakemistopolkua on korvata polun keskiosa kolmella pisteellä. Tätä käytetään monissa dialogien kentissä sekä valikkojen viimeksi käytetyissä tiedostoissa ja hakemistoissa. Polun keskiosasta poistetaan alihakemistoja, kunnes se mahtuu annettuun tilaan. Ohjelma muistaa sisäisesti poistetun osan ja osaa palauttaa sen, kun tiedostoa käytetään. Jos dialogin kentässä näkyy polun keskellä kolme pistettä, ei polkua tulisi editoida suoraan, vaan käyttää viereistä selausnäppäintä.
Ominaisuustietojen liitetiedostojen yhteydessä on mahdollista käyttää suhtellisia polkuja. Tällöin ominaisuustietoon tallentuu vain pelkkä nimi tai polun loppuosa (dir/file.pdf). Koko polku saadaan liittämällä tämä loppuosa ominaisuustiedoston tiedoston polkuun.
Kaikki kolme lyhennettyä hakupolkua voidaan dialogeissa laajentaa koko mittaansa painamalla selauspainiketta Alt-näppäimen kanssa.
Ohjelma käyttää joihinkin tarkoituksiin muita ohjelmia. Tärkein on tekstieditori, jota käytetään joidenkin asetustiedostojen editointiin sekä tulostiedostojen näyttämiseen.
Muita ohjelmia käytetään joidenkin tulostiedostojen (esim. rtf) sekä ominaisuustietojen liitetiedostojen (esim. pdf) näyttämiseen. Oletuksena kaikkien tiedostojen näyttämiseen käytetään Windowsin ao. tiedostopäätteelle rekisteröityä ohjelmaa.
Ohjelman asennus luo Windowsin rekisteriin yleisen avaimen HKEY_LOCAL_MACHINE \SOFTWARE \3D-system \Threedee. Jokaiselle käyttäjälle luodaan käynnistyksen yhteydessä avain HKEY_CURRENT_USER \SOFTWARE \3D-system \Threedee. Ohjelma ei kuitenkaan toistaiseksi käytä näytä avaimia omien asetusten tallentamiseen.